
지구의 한랭화를 복구하기 위한 평화적 에너지 프로젝트 요마간토가 완공을 앞둔 가운데, 사이드6의 협력과 함께 국제적 관심을 모은다. 그러나 그 이면에서는 권력 암투와 치명적인 전략 병기의 사용이 얽히기 시작한다.
한편 키시리아는 5년 만에 기렌 자비를 만나기로 한다. 그 시각, 마츄는 키케로가와 지쿠악스 기동 훈련을 진행 중이며, 샤리아는 이 만남을 이용해 기렌과 키시리아를 동시에 제거할 계획을 세운다.
마츄는 샤리아에게 과거에 목성까지 갔던 일에 대해 묻고, 샤리아는 당시의 생존과 무감각했던 감정을 고백한다. 스페이스노이드의 독립이나 전쟁의 참상에도 무뎌진 자신이 공허함만을 느꼈다고 말한다.
기렌과의 만남 자리에서 키시리아는 기렌이 데긴 자비를 죽였다고 폭로하며 말다툼 끝에 독가스를 사용, 기렌과 그 일행을 제거한다. 곧이어 키시리아는 요마간토 일대를 봉쇄하고, 기렌파의 세력을 일소한다.
냐안과 이그자베가 이끄는 걍 부대가 기렌파의 함대와 전략 병기 빅 잠을 파괴하며 키시리아의 쿠데타는 사실상 성공하게 된다.
사태를 막지 못한 것을 자책하는 샤리아는 마츄에게 자신의 의지로 행동하라고 말하며, 요마간토의 전략 병기화와 '샤론의 장미'에 잠든 소녀를 구해달라고 부탁한다.
그러나 냐안은 제크노바의 발현을 통해 슈우지를 다시 불러올 수 있다고 믿고, 결국 요마간토를 발동시킨다. 그로 인해 아 바오아 쿠가 소멸되고, 마츄는 샤론의 장미가 울고 있다고 표현한다.
지쿠악스에 탑승한 마츄는 요마간토로 향하고, 이그자베의 걍 부대에 막히지만 샤리아의 도움으로 돌파에 성공한다. 내부 핵심부에 도달한 마츄는 결국 지프리드를 조종하는 정체불명의 인물과 마주하게 된다.
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